行业动态 火狐体育app:YPE htmlhtmlheadtitle data-vue-meta=true 来源:火狐体育最新官网登录入口 作者:火狐体育app 发表时间: 2022-12-06 12:36:30

  CircRNA红透天际,引得一众科学家竞相追逐。然而眼下cirRNA研究的一个巨大挑战就是,可参考信息不多,数据库建设相比其他非编码(miRNA,lncRNA)相对稚嫩。

  解螺旋的单元课一直秉承“喂到嘴边”的傻瓜教程理念,精心挑选cirRNA研究7大数据库,从基础研究到临床样本,涉及肿瘤和非肿瘤疾病数据,全方位武装头脑,让你对circRNA了如指掌!

  表达有差异是功能意义的前提,如何挑选出文章主变量是研究的第一步。说到如何挑选主变量,怎能跳过circRNADisease?

  circRNADisease数据库基于800多篇报道circRNA与疾病相关的文献,收集了330个circRNA与48种疾病之间的354对相互联系,其中肿瘤相关疾病占54%,心血管和脑血管相关疾病占27%。

  寻找到研究主变量后,查询其详细信息,在不同物种中的表达情况,是circRNA研究必需环节,此时circBase就派上用场了。它收集和整合基于测序数据发现的circRNA,目前包含人类、小鼠、秀丽线虫、黑腹果蝇、矛尾鱼和腔棘鱼等物种的circRNA信息,是circRNA研究比较基础和老牌的数据库。

  CircRNA因其环状的特殊性,使其在引物设计,机制的探索研究中比其他的非编码RNA都难度更高。

  它基于ENCODE数据库和NCBIGEO数据库的RNA-seq数据,收集了成年人类16个组织,人类胚胎15个组织,小鼠9个组织中特异性表达的circRNA。

  MiOncoCirc数据库是首个以临床肿瘤样本为基础的circRNA数据库,包含了2000多个临床肿瘤样本中的circRNA表达信息,收集了丰富的原位癌、转移癌及一些罕见癌症类型的circRNA表达数据。

  由于其中的circRNA数据来源于临床肿瘤样本,因此能够更好地表征与癌症相关的真实的circRNA特征。

  CSCD也是一个肿瘤特异的circRNA数据库,由87个肿瘤细胞系中获得的228个RNA-seq数据整合而成,并整合了4种常用的circRNA分析算法的结果,目前包含272152个肿瘤特异性表达的circRNA信息。

  该数据库主要优势在于circRNA数据量更加丰富,可根据肿瘤细胞系,基因名或亚细胞定位定向检索circRNA。也可获取检索到的与circRNA结合的miRNA,RBP及ORF(开放阅读框)等相关信息

  exoRBase数据库基于外周血中外泌体的RNA-seq数据库和已报道的相关文献资料中的数据,收集了包括circRNA,lncRNA和mRNA的表达数据,包括正常个体和多种疾病患者的RNA-seq数据。它可以检索多种疾病中分析人血液外泌体中某种circRNA,lncRNA或mRNA的表达水平,并获得可视化图形。

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